とりあえず、現在の私家版テストパッケージを APT で入れてみた。ら、見事に文字化けする。
どうも、JDK に付属するフォント設定が古いままなのが原因とのこと。font.properties を修正するのが正道っぽいけど、X のフォント設定には近寄らないことにしているので、
ln -s /usr/share/fonts/truetype/ttf-ipafonts fallback
とする形で解決*1。
依存しているライブラリが deb パッケージになってないことに目をつぶれば、OmegaT の CVS 版からもあっさりビルドはできた。動作も問題なさそう。